L’ambiente più basso dello scavo che ospita il MUST è la cantina: in passato, garantiva le migliori condizioni per la conservazione e la maturazione del vino; lo scavo, per essere considerato a regola d’arte, doveva garantire il passaggio della luce nella sola zona centrale, (in modo che non si dovesse sprecare l’olio o le candele per l’illuminazione) lasciando perennemente in ombra i lati, dove venivano alloggiate le botti.

Le vasche poggia botti contenevano una sorta di binari in legno per evitare che le botti, poggiate direttamente sulla pietra tipicamente umida, compromettessero la buona qualità del vino qui conservato.

Adiacente alla cantina, vi è una stanza di servizio diventata un magnifico Giardino Ipogeo, omaggio al  parco naturale della Murgia. All’interno del giardino è possibile fare un viaggio multisensoriale attraverso i profumi, gli odori e i colori che la natura assume nelle immediate vicinanze della città di Matera.